Uprava za civilnu zaštitu i vatrogastvo Hercegovačko – neretvanske županije utemeljena je za vršenje upravnih, stručnih, administrativnih i drugih poslove u oblasti zaštite i spašavanja iz nadležnosti županije sukladno Zakonu o organizaciji Uprave u Hercegovačko – neretvanskoj županiji („Narodne novine HNŽ“, broj 9/09), Zakonu o zaštiti i spašavanju ljudi i materijalnih dobara od prirodnih i drugih nesreća FBiH ("Službene novine Federacije BiH" broj 39/03, 22/06 i 43/10), Zakonu o zaštiti od požara i vatrogastvu FBiH ("Službene novine Federacije BiH " broj 64/09, te općim aktima i drugim propisima.
Sastoji se od tri sektora, koji čine temeljne organizacijske jedinice i to:
Sektor civilne zaštite,
Sektor zaštite od požara i vatrogastvo, te
Sektor za upravno-pravne, opće i materijalno-financijske poslove.
U okviru Sektora civilne zaštite oformljen je operativni centar civilne zaštite HNŽ.
Unutarnja organizacija, djelokrug organizacijskih jedinica, kao i sistematizacija radnih mjesta, utvrđena je Pravilnikom o unutarnjem ustroju, načinu rada i sistematizaciji radnih mjesta Uprave za civilnu zaštitu i vatrogastvo HNŽ.